Skup podataka
Trajectory-WT_MOL13
Institut Ruđer Bošković, 2025. urn:nbn:hr:241:872731
Barić, Danijela

 Skup podataka
Skup podataka: wt-bche-13_20.nc, 190.92 MB
Pravo pristupa: Otvoren pristup
Opis datoteke:
20 ns MD Trajectory for substituted biscarbamate in complex with wild type BChE (engleski)

Dokumentacija: wt-bche-13-top.txt, 3.47 MB
Pravo pristupa: Otvoren pristup
Opis datoteke:
Topology of enzyme-ligand (wild type BChE-biscarbamate) system, enabling the visual inspection of MD simulation provided above. (engleski)

Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Citirajte ovaj rad

Barić, D. (2025). Trajectory-WT_MOL13 [Skup podataka]. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

Barić, Danijela. Trajectory-WT_MOL13. Institut Ruđer Bošković, 2025. 14.02.2025. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

Barić, Danijela. 2025. Trajectory-WT_MOL13. Institut Ruđer Bošković. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

Barić, D. 2025. Trajectory-WT_MOL13. Institut Ruđer Bošković. [Online]. [Citirano 14.02.2025.]. Preuzeto s: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

Barić D. Trajectory-WT_MOL13. [Internet]. Institut Ruđer Bošković; 2025, [pristupljeno 14.02.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

D. Barić, Trajectory-WT_MOL13, Institut Ruđer Bošković, 2025. Citirano: 14.02.2025. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731.

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:241:872731
Naslov (engleski)Trajectory-WT_MOL13
AutorDanijela Barić
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Primijenjena kemija
Sažetak (engleski)
The data comprises the trajectory of a molecular dynamics simulation of the complex formed between wild type BChE and a selected ligand (a biscarbamate), spanning 20 ns.
Metodologija (engleski)The simulation is performed using AMBER program package. Production MD simulations were then conducted without constraints for 20 nanoseconds under NPT conditions (300 K and 1 atm), following a series of equilibration calculations that included energy minimizations and short (20 ps) MD simulations, with harmonic restraints gradually reduced to zero and adjustments made to volume and temperature. Target values for temperature and pressure were set to 300 K and 1 atm, respectively.
Ključne riječi (engleski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:241:872731
Datum objave2025-01-20
IzdavačInstitut Ruđer Bošković
Ruđer Bošković Institute
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2025-01-20 13:02:39