Jurica Novak, Centar za informatiku i računarstvo, Institut Ruđer Bošković

Ova readme.txt datoteka je generirana 20241217 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: Thioxo/mercapto-tetrahydro-pyrimidin-benzenesulfonamide Hybrids as Potential BRAFV600E Inhibitors

2. Naslov istraživačkog projekta: -  

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Centar za informatiku i računarstvo, Institut Ruđer Bošković
		Adresa: Bijenička cesta 54, 10000 Zagreb, Hrvatska
		E-mail: jnovak@irb.hr

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2023
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2024
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2024

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka:



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: MD simulacije novosintetiziranih inhibitora u aktivnom mjestu BRAF proteina.

2. Ključne riječi:  BRAF; inhibitors; 3D-QSAR; molecular docking; molecular dynamics

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke: otvoren pristup

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:
mdcrd - Amber trajectory output file
prmtop - Amber parameter file
rst - Amber restart file


PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: P06 - MD trajectory for BRAF:P06 complex
               P08 - MD trajectory for BRAF:P08 complex
	       P13 - MD trajectory for BRAF:P13 complex
	       P16 - MD trajectory for BRAF:P16 complex

2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:
cpx_w.prmtop - prmtop file for complex and ions solvated in water box
noions.cpx_w.prmtop - prmtop file for complex after stripping solvent and ions
noions.mdcrd - combined coodrinates (trajectory) file for complex after stripping solvent and ions
	       
3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: For molecular dynamics simulation under physiological conditions (310 K, 1 atm), a minimization–heating–equilibration–production protocol was employed. The minimization process involved 10000 cycles (4000 steepest descent followed by 6000 conjugate gradient) with harmonic potential constraints (k = 10.0 kcal mol−1 Å−2) on all non-solvent molecules. A second minimization followed a similar protocol without constraints. Following energy minimization, the systems were gradually heated from 0 K to 300 K over 500 ps without constraints, followed by 500 ps of equilibration. Finally, a 300 ns MD production run was performed with a 2 fs time step at 310 K and 1 atm. Temperature was controlled using a Langevin thermostat with a collision frequency of 1 ps−1. Hydrogen atoms were constrained using the SHAKE algorithm. Long-range electrostatic interactions were managed using the particle mesh Ewald method, with a cutoff distance of 11 Å for non-bonded interactions. Periodic boundary conditions were applied in all directions. MD simulations were executed on the Supek supercomputer at the University of Zagreb, University Computing Center—SRCE, using the AMBER software suite.

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Amber 20

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: